La chiesa venne eretta con l’intitolazione a S. Clemente mentre il culto verso S. Maria Maddalena venne introdotto alla metà del XV secolo, quando venne trasportata qui, da un oratorio situato presso porta Ognissanti, una statua della santa. Nel frattempo si rese necessario l?ampliamento della chiesa, conclusosi nel luglio del 1484, ed a progettarla fu Lazzaro Pozzali, uno degli architetti più impegnati nel rinnovamento architettonico rinascimentale della città, voluto da Bianca Maria Visconti. La struttura architettonica quattrocentesca della chiesa presenta sia elementi rinascimentali sia reminiscenze tardo gotiche. La pianta è ad aula, con sfondati per le cappelle laterali, la cui altezza originaria, molto maggiore dell’attuale, è visibile solo nelle prime due cappelle vicine all’entrata. All’interno il presbiterio ha l’aspetto di un padiglione coperto da una volta ad ombrello e sostenuto da esili e coloratissime colonnine, la cui decorazione pittorica è ancora parzialmente conservata. Una piccola corte celeste affolla il presbiterio: sono i dodici Apostoli disposti a coppie che affiancano il Redentore e San Clemente (ora nascosti dal polittico collocato in fondo al presbiterio) e dalla parte opposta l’Angelo annunciante, l’Annunciata e due Profeti. La decorazione originaria del presbiterio risale alla fine del XV secolo, a cui si aggiunse, poi, una piccola folla di figure sacre affrescate sulle pareti tra la fine del secolo e l’inizio del successivo. Il grande polittico di Tommaso Aleni risale, invece, ai primi anni del Cinquecento e campeggia sul fondo del presbiterio che conserva ancora l’elegante cornice intagliata da Giovanni Agostino de’ Marchi nel 1503. Fra il 1623 ed il 1626 la chiesa fu interessata da un vasto intervento di riforma: su progetto dell’architetto Carlo Mariani, venne alzato il pavimento e furono abbassate le volte delle cappelle, le lesene della navata furono ornate con gli stucchi e le porte e finestre furono rimodellate. L’intervento, che avrebbe dovuto interessare tutta la chiesa, restò però interrotto a causa dell’epidemia di peste del 1630 e non venne più ripreso, lasciando inalterata la struttura del presbiterio e le volte della navata. La chiesa di S. Maria Maddalena venne temporaneamente chiusa fra il 1805 ed il 1808 quando venne riaperta come sussidiaria della vicina chiesa di S. Imerio e vi furono traslocate numerose opere d’arte provenienti da altre chiese del circondario: di particolare interesse sono la statua di S. Rocco nella prima cappella destra, interessante esempio di scultura lignea cremonese d’inizio Seicento, nella seconda il grande crocifisso ligneo del 1714 e, alla terza l’altare dove si venerano le reliquie di san Geroldo, nel presbiterio l’Assunta di Vincenzo Campi (1577), S. Giovanni Damasceno del Genovesino (1648) e la Decollazione del Battista di Luca Cattapane in controfacciata. L’aspetto attuale della chiesa si deve ai lavori condotti nel 1964 – 68, durante i quali furono consolidate le strutture della chiesa e furono riportati alla luce gli affreschi quattro e cinquecenteschi.

Indirizzo: Via Colombo 2 – Cremona (CR)